มหาวิทยาลัย Warmia และ Mazury ในเมือง Olsztyn ก่อตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 1 กันยายน 1999 ซึ่งเป็นผลมาจากการผสมผสานสถาบันการศึกษาชั้นสูง 3 แห่งใน Olsztyn ได้แก่ สถาบันวิชาการเกษตรและเทคโนโลยีโรงเรียนสอนการปกครองในระดับสูงและ Warmian Theological Institute

ตอนแรกในปีพ. ศ. 2542 มีคณะ 12 คณะสาขา 32 แห่งและนักศึกษาอีก 24,500 คนที่ UWM มหาวิทยาลัยยังมีสิทธิที่จะมอบปริญญาเอกในสาขาวิทยาศาสตร์ 13 สาขาและปริญญาดุษฎีบัณฑิตสาขา 6 สาขา ตามพระราชบัญญัติการจัดตั้งของมหาวิทยาลัยตำแหน่งของอธิการบดีคนแรกของมหาวิทยาลัย UWM เป็นศาสตราจารย์ Ryszard Góreckiปริญญาเอก มหาวิทยาลัยได้รับการตัดสินใน Kortowo – วิทยาเขตที่เคยเป็นสถาบันการศึกษาของ A & T

UWM ได้รับการเปลี่ยนแปลงอย่างมากนับตั้งแต่เริ่มก่อตั้ง การบรรลุความคืบหน้าดังกล่าวจะเป็นไปไม่ได้หากไม่มีเงินทุนของสหภาพยุโรป ฐานด้านการศึกษาและวิทยาศาสตร์ของมหาวิทยาลัยได้รับการเสริมแรงอย่างมากเช่นโดยการซื้ออุปกรณ์ห้องปฏิบัติการที่มีเทคโนโลยีสูง

ในปีการศึกษา 2014/15 มีนักเรียน 27,000 คนที่ได้รับการศึกษาใน 17 คณะและ 65 สาขาวิชาทั้งภายในและนอกเวลา นอกจากนี้ยังมีผู้สมัครระดับปริญญาเอกอีก 600 คนและนักศึกษาระดับบัณฑิตศึกษา 1500 คน